Primero estudió filosofía en Groot-Bijgaarden y luego, en 1963, se mudó a Corea del Sur como misionero salesiano. Mientras tanto, el 12 de septiembre de 1970, fue ordenado sacerdote en Oud-Heverlee para la congregación de los salesianos.

En Corea fue el primero en la arquidiócesis de Kwangju (Corea del Sur), profesor de moralidad y religión en la educación secundaria superior y responsable de la atención pastoral estudiantil. Luego, entre 1974 y 1984, fue responsable de la escuela pastoral de estudiantes en la arquidiócesis de Seúl, coordinador del pastoralismo estudiantil para todo el Este de Asia, Provincial de Salesianos en Corea y Presidente de los Superiores Superiores en Corea.

Desde 1984 hasta su nombramiento como obispo de Gante, mons. Van Looy permanece en la casa general de los salesianos de Don Bosco en Roma. Fue miembro del Consejo General de Salesianos, responsable de las misiones salesianas y de la pastoral juvenil salesiana.

Desde 1996 es vicario general del Superior general de los Salesianos y responsable de la Familia Salesiana.

El 15 de diciembre de 2003 el Papa Juan Pablo II lo nombra obispo de Gante. El 1 de febrero de 2004 fue ordenado obispo en la catedral de Saint Bavo en Gante. El lema de su obispado es: "In Nomine Patris" (En el nombre del padre).

En nombre de los obispos belgas, Mons. Van Looy es obispo- patrocinador de: Comisión Interdiocesana del Patrimonio de la Iglesia (CRKC); La Interdiocesis del Consejo Pastoral; Caritas Catholica Flanders; Consejo Interdisciplinario para el Apostolado (IRA), Comité de Justicia y Paz / Red Caritas Solidarity, Broederlijk Delen, Welfare, ORBIT, Pax Christi Flanders, Missio, el Comité interdiocesano Pro migrantibus y los medios de comunicación en holandés.

El 29 de marzo de 2014, Mons. Van Looy fue nombrado por el Papa Francisco como miembro de la Congregación para los Institutos de Vida Sagrada y Comunidades de Vida Apostólica .

En el mismo año fue elegido presidente de Caritas Europa y en julio de 2015, el Papa Francisco lo nombró miembro de la junta directiva de Caritas International.

A invitación del Papa Francisco, el Obispo Van Looy participó en el Sínodo de los Obispos sobre la familia del 4 al 25 de octubre de 2015 en Roma. En sus intervenciones en el sínodo, enfatizó el enfoque en las familias en la pobreza y en las familias huidas de sus asignaciones en Caritas. Como salesiano, estaba particularmente preocupado por la educación de los jóvenes y las muchas preocupaciones que los padres tienen sobre esto.